Os órgãos de governo do CIPES são os seguintes: Conselho Executivo, Conselho Científico, Assembleia Geral, Conselho Fiscal e Conselho Consultivo.
Os membros do Conselho Executivo (cinco) são eleitos pelo Conselho Científico e propostos à Assembleia Geral, que os nomeia. O Conselho Executivo é responsável pelo funcionamento quotidiano do Centro. O Conselho Científico é composto por todos os investigadores doutorados que desenvolvem o seu trabalho no CIPES. Este Conselho é responsável pela definição da política de investigação do Centro e pela decisão da admissão de novos investigadores, pela concessão de bolsas de estudo e pelo recrutamento de novos colaboradores.
A Assembleia Geral é composta pelos reitores das universidades associadas (atualmente as Universidades de Aveiro e do Porto) e por um investigador de cada uma das universidades nomeado pelo Conselho Científico. A Assembleia Geral analisa e avalia as propostas de orçamento e os planos de atividades, nomeia os membros da Direção e decide sobre a admissão de novos associados. O Conselho Fiscal controla a atividade financeira e inspeciona as contas, produzindo um relatório anual para a Assembleia Geral.
O Conselho Consultivo é composto por três investigadores de reputação internacional; atualmente, os membros são os Professores Ulrich Teichler (U.Kassell, Alemanha), Simon Marginson (IoE-UCL, Reino Unido) e Christine Musselin (Sciences-Po, França). O Conselho Consultivo produz relatórios e recomendações sobre a estratégia de investigação e os planos de desenvolvimento.